《魍魉之匣》改编自京极夏彦百鬼夜行系列的第二部作品。

榎木津礼二郎经营侦探事务所。

一天，原电影明星柚木阳子委托其受理她14岁的女儿加菜子失踪一案。

作家关口巽和记者鸟口守彦对最近发生的美少女被肢解杀人事件十分好奇，一起前往现场追查，却在路途中迷路而误入一栋奇怪的盒状建筑物。

负责侦破连续杀人事件的青木警官乘坐的列车上加菜子被撞下车送往医院。

刑警木场修强忍疲惫下接手处理案件，却发现加菜子的母亲，正是他暗恋多年的阳子。

但日，运送加菜子的救护车和随同车辆消失在了匣馆的领地中。 

消失的少女、相模湖分尸杀人案、追查案件的木场和关口、盒子般奇怪的建筑物，到底是什么将他们联系在一起？

魍魉，真的只存在人心吗？