第二季的故事发生在第一季结束八年后，军情六处的特工乔纳森·派恩以为自己彻底埋葬了过去，如今他的化名叫作亚历克斯·古德温，在伦敦负责主导一个秘密监视小组，生活平静安逸。然而某晚，他偶然瞥见一位过去受雇于理查德的佣兵，并促使他再次行动，与哥伦比亚商人泰迪·多斯·桑托斯发生冲突。