与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查..

母亲要杀他,这个冲击让伊达京介觉醒潜在能力。在京介觉得失意时,岬真夜这个让人忍不住关怀的女子出现在他面前。两人关系越来越密切此时,迷的突变体军团「hospitaru」(ホスピタル)和巨大企业「桐原体」的战斗机器人军团突然向他们攻击,为的是..

在遥远的地方，有一个洋溢着各式各样的童话故事、可爱和快乐的国家童话国度（Mrchen Land）。然而，恶之皇帝皮耶罗（Piero）把童话国度的女王彻底封印。精灵糖糖（Candy）随即前往地球，寻找传说中的战士光之美少女。

故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施太平洋浮标。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的新技术的测试也在进行中

钥圈儿出现在皮卡丘和伙伴们面前，将它插进飘浮在空中的神秘钥匙孔，就出现了奇幻王国。钥圈儿似乎拥有通往各个不同世界的钥匙，不知道皮卡丘的钥匙会带领大家前往哪个世界呢？

寻找秘宝的路飞一行，进入海肚脐的大冒险......

系列第23部特别篇，讲述的是剧场版《Z》之前骗人布给布鲁克讲述梅丽号经历的故事。