妹妹公主RePure 是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。

15岁的聪明国中生海神航竟然高中落榜了，真是跌破大家眼镜。 当他还在懊恼不已时却突然莫名其妙被送进位在希望之岛上的星见丘西学园，已经被弄胡涂的海神航面对12位自称是他妹妹的可爱女孩将会有什么有趣的事情发生呢？