小智来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。

在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。

大木博士见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。

于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。 　　

在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚与宗次，并听到了有关凤王的传说。

“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士......”