位于东京西部的巨大的“学园都市”，这座总人口达230万的城市中，学生比例约占八成。为了开发学生的超能力，这里实施着特殊的课程体系能力，从“无能力（Level 0）”到“超能力（Level 5）”，共分为六个等级进行评定。这是一所拥有远超世间常识的科学技术，让每个人都能获得科学能力、安全生活的梦幻般教育机构——在这份和平的表象之下，存在着名为“暗部”的组织，他们专门接手那些永远无法见光的“脏活”。