阿斯嘉特大战已经过去五年，世界在金蝰蛇和“东安联”的支配下，维持着虚假而脆弱的和平。

瑞为了复活赫雅重现商都，试图找到被金蝰蛇集团独吞的“圣柜线索”。

然而一个与II型文明息息相关的神秘组织“黄昏使者”，早已经盯上了圣柜和瑞......

故事的舞台设立在一个架空的星球——元星。

在这颗年轻的星球上，人类对未知的憧憬从来不会随着理性或者恐惧而止步，在一次次的进化与变革中，人类不断挑战造物主的行为终于导致了矛盾的激化。

为各自理想而争斗的人们，以信仰代替笔墨，将和平时代划上句点的同时也点燃了星球的怒火，导致紫雾危机爆发。

在人类面临生存危机的时刻，精英阶层所开展的n.s.p.计划却一度受挫，直到在“纳米核心”的介入下迎来“他”的诞生。

这个本该是被精英阶层看做人类兵器未来进化方向的存在，却挣脱了自己命运的枷锁，来到一片失去信仰的土地上。

“他”在成长中做出选择，在选择中逐渐成长，元星那浑浊的未来也因此而发生改变。