作品的起始时间设定在11年4月，因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转学到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言“在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的影像”。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里遭受被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。